Es difícil encontrar una expresión corta y concisa acerca de estos términos. Hay muchas variantes y la mayoría incluyen formar una frase o usar los términos ingleses directamente. Sin embargo, si tengo que decantarme por algo, yo personalmente usaría los términos que te sugiero si tuviera que hacer una traducción en el campo.

Soy químico y conozco este tipo de grupos, los he usado a menudo y conozco su naturaleza y funcionamiento. Abe(L)solano ya ha aportado mucha información correcta. Sin embargo, matizaré sus comentarios para que emplees la mejor terminología:

- El "end capping" o bloqueo (para usarlo como acción, como ves puedes usar el término en inglés que, sin duda, es el más usado, seguido de cerca por "bloqueo de extremos" o "protección de extremos") no solo ocurre en el extremo N-terminal. Los péptidos también tienen un extremo C-terminal donde también se puede hacer "end capping". Por tanto, no incluyas la parte de qué extremo protege para una definición general.

- Hablar de "grupo protector", si bien se acerca muchísimo a lo que queremos, puede ser confundido con otro término de química: el "protecting group" o "grupo protector". Los grupos protectores permiten proteger un grupo funcional y desprotegerlo a placer para evitar reactividad secundaria, y siempre puede recuperarse el grupo de partida cuando se desee. Sin embargo, el concepto de "end capping" en la literatura científica siempre aparece bien separado del de "grupo protector", y por tanto deberíamos hablar más de un "bloqueo" del grupo terminal (a veces el "end capping" no se puede revertir, lo cual ya sería una diferencia con el grupo protector en sí). Por eso, creo que mejor usar la terminología "bloqueo".

En definitiva, hablamos de un péptido que tiene su extremo bloqueado a la interacción con otros grupos/factores externos, y un grupo funcional (conjunto de átomos de un péptido) en el extremo de un péptido que está bloqueado. Con estas definiciones, usar "péptido con grupo terminal bloqueado" y "grupo de bloqueo" me parecen las contribuciones más acertadas.

Gracias a mis compañeros por la discusión, y suerte en tus traducciones.

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Note added at 2 hrs (2019-11-13 09:29:50 GMT)
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- En ciertos casos, se usa "péptido bloqueado" como forma corta del término. Si presentas el término extendido según te propongo, y nuevamente te aparece "capped peptide", no dudes en escribir "péptido bloqueado" para simplificar la escritura. El lector entenderá a qué te refieres con "bloqueado" una vez lo hayas explicado.
- En otros trabajos he leído "grupo de end capping" para "capping group", lo cual también me parece correcto. Sin embargo, siempre que se pueda evitar terminología extranjera, es preferible hacerlo. Sin embargo, úsalo como sinónimo (si tienes que repetir la traducción del término "capping group" a lo largo del texto, tampoco dudes en usar este sinónimo)