neutralization (AmE)

W podanym kontekście "utylizują" znaczy "neutralizują, unieszkodliwiają" - takie jest zresztą dominujące znaczenie słów "utylizacja" i "utylizować" we współczesnej polszczyźnie.

Firma zajmująca się gospodarką odpadami przemysłowymi, utylizacją odczynników chemicznych, utylizacją odpadów niebezpiecznych, chemicznych i...
Jednym ze sposobów utylizacji odpadów jest ich termiczne przetworzenie...
Dysponujemy zapleczem technicznym pozwalającym odbierać, transportować oraz utylizować niebezpiecznie odpady.
http://tinyurl.com/o323pah

Other bacteria neutralize the destructive compounds of the lysosome ...
In a test tube, the decoy bacteria neutralize 99.95 percent of the toxin's ability to kill human cells...
Bioleaching bacteria neutralize acid sources and remove heavy metals from mine waste...
...friendly bacteria neutralize toxins in food including known carcinogens like the nitrosamines found in beer, bacon...
http://tinyurl.com/phzwvpx

This meaning may fit the full context and be more descriptive of the process being discusse.

One of the meanings of utylizacja is "recycling:"
wykorzystywanie odpadów lub niepotrzebnych materiałów do dalszej produkcji, jako surowce wtórne

Recycling by bacteria:

1) Uptake hydrogenase in N2-fixing bacteria can recycle the H2 produced by nitrogenase to provide reductant or ATP for N2 reduction; hydrogenase also may provide respiratory protection for nitrogenase

2) Recent studies have suggested that pelagic bacteria play a much larger role in recycling planktonic detritus to usable carbon than was thought previously. Answers to some of these questions may be
found in a recently discovered group of marine bacteria that recycle complex polysaccharides

3) Bacteria able to recycle uric acid were Pseudomonas fluorescens DVL3A that used it as carbon and nitrogen source,